En la época del zar ruso Mikjail Fedorovich y su hijo conde Aleksey el abad del monasterio decidió construir una iglesia de piedra en lugar de la de madera que pese a muchos años pasados estaba en mala condición. La iglesia siempre era querida por todos los frailes porque se encontraba en el lugar del enterramiento de San Alejandro de Svir. El abad solicitó el permiso para la construcción y lo recibió tal como una generosa donación.

En 1641 d.c. según la voluntad del zar la iglesia vieja fue desmontada. En aquella época sucedió un milagro que les sorprendió a los frailes. El 15 de abril, el jueves de la semana de Ramos pasó una gran tormenta con rayós y truenos. Los rayós caían en la tierra pero no desaparecían como siempre de tal manera que alumbraban un rato todo a su alrededor. Al día siguiente la tormenta repitió. Y el 17 de abril el sábado de San Lazar durante la liturgia unos labradores cavaron un foso para construir muros de la nueva iglesia de la Transfiguración de nuestro Señor Jesus Cristo con dos altares laterales: uno en nombre de San Nicolás Milagrero y el otro en nombe de San Alejandro de Svir. Cuando empezaron a cavar el foso junto al muro oriental de la iglesia vieja los labradores descubieron un féretro. Maravillosamente la tierra se hallaba sobre el féretro sin ningún apoyo. Al verlo los labradores se asustaron y se asombraron mucho y no sabían que hacer.

En aquel momento un fraile llamado Elisey pasó cerca y viendo que los labradores no trabajaban les preguntó: “ ¿Por qué no trabajáis, amigos? Los labradores le enseñaron el féretro y la caverna que se alzaba encima de él. Elisey se acercó para ver mejor lo que les había sorprendido tanto, se presignó y entreabrió con mucho cuidado la tapa vieja y podrida. Con gran asombró Elisey vio un cuerpo intacto, sin cualquier deterioro vestido en una ropa intacta también. Comprendió que era la reliquia de San Alejandro de Svir, cerró el féretro y se apresuró a avisar al abad Avraami y a todos los frailes de ese suceso.

El abad acabó la misa y dió de comulgar a la hermandad y se dirigió a donde le indicó Elisey. Les siguieron todos los frailes. Todos corrieron al lugar misterioso. Cuando se reunieron en el foso todos vieron la caverna y el féretro. Al mismo momento cuando el abad abrió el féretro empezó a esparcirse un aroma maravilloso. Aunque nadie incensaba olía a substancias aromáticas. Todos vieron el cuerpo de San Alejandro que estaba intacto sin deterioro vestido con una manta y sjima, y analav también estaban intactos. Debajo del sjima se veía la barba, una pierna yacía hacia arriba y otra hacia la izquierda como si el fraile se hubiera muerto recientemente. Los pies estaban calzados en las sandalias. Encima del cuerpo apareció la mirra que se vertía como agua. Primero todos los presentes se asustaron mucho pero después se alegraron y empezaron a glorificar al Dios Omnipotente que glorificaba a sus santos.

El abad ordenó traer el féretro nuevo porque el viejo estaba podrido y casi destruido. Sólo una tabla en la que yacía el cuerpo estaba intacta. Al vestirse en santos vestidos el abad y el fraile jerarca pusieron la reliquia en el féretro nuevo y mientras unos frailes cantaban salmos, otros subieron el féretro en sus hombros y lo llevaron con mucho cuidado a la catedral de San Nicolás situada allí mismo. Había múltiples curaciones de varias enfermedades de los que venían a la tumba de San Alejandro de Svir.

Pronto el abad Avraami mandó al fraile Elisey a Novgorod para que trajera al arzobispo Afoni una carta en la que describía aquel suceso milagroso.

El arzobispo Afoni leyó la carta y se asombro mucho de que la reliquia del santo estuviera intacta. Se apresuró a avisar al zar Mikjail Fedorovich. A su vez el zar ordenó al arzobispo que él mismo verificara el descubrimiento maravilloso. Entonces, el 29 de agosto llegaron al monasterio el arzobispo Afoni acompañado por el abad del monasterio de Santo Espíritu llamado Eufimi, el abad del monasterio de San Nicolás llamado Iosif, y sacerdotes de la catedral de Santa Sofía. El 30 de agosto por la mañana, cuando se celebra el día de San Alejandro el arzobispo con otros sacerdotes sirvió la liturgia nocturna en la iglesia de San Nicolás Milagrero donde se encontraba la reliquia de San Alejandro de Svir. Al acabar la liturgia el arzobispo rezó un tedéum y consagró el agua. Luego el arzobispo ordenó abrir el féretro de San Alejandro. Al abrir el féretro todos se acercaron y vieron a San Alejandro como si se hubiera muerto recientemente. Todos se asustaron mucho. El arzobispo ordenó tocar las campanas, se inclinó sobre el cuerpo muerto y quitó de la cabeza del santo su sjima y paramando. Todos vieron la cara del santo y empezaron a llorar por tantas emociones que sentían. Después desnudaron las manos y el pecho del santo. El arzobispo observó el cuerpo y la cara del muerto, y vio un icono antiguo que contaba milagros relacionados con el santo. Pasaron minutos y el arzobispo junto con la catedral consagrada exclamó: “!Verdaderamente este es el milagrero padre San Alejandro!”

Para verificar la milagrosa aparición de la reliquia de San Alejandro Dios Omnipotente la acompañó con el otro milagro. Aquella misma noche, a las 9 se vio una luz que naciendo en el cielo caía hasta la tierra y alumbraba el divino lugar. El arzobispo y todos los presentes en el monasterio la contemplaban y glorificaban al Señor. Aquel signo divino duró hasta la medianoche. El arzobispo vivió en el monasterio 7 días rezando y glorificando a San Alejandro. Luego invitó a toda la hermandad a la cena de despedida, hizo una generosa donación y emprendió el camino de regreso a Novgorod.

Al llegar a Novgorod el arzobispo describió todo lo que le había sucedido en la carta y la envió al zar. Además le envió un trozo de sjima de San Alejandro como su bendición. El zar aceptó la bendición como un signo maravilloso y se alegró mucho glorificando a Dios que le descubrió la reliquia de San Alejandro. En 1644 d.c. mandó fundir un relicario de plata dorada y lo envió al monasterio de la Santa Trinidad para que lo instalaran en la tumba de San Alejandro Milagrero.

Acabada la misa nocturna el arzobispo acompañado por sacerdotes y frailes entró en la iglesia de San Nicolás Milagrero. Sacó la reliquia de San Alejandro, la puso en un banco especial y cantando salmos solemnes e incensando la trasladó a la catedral de la Transfiguración.