1) Преподобный Александр, основатель обители и первый игумен, с 1506 по 1533 гг.
2) Исаия.
3) Никодим (о них упоминается только в монастырских синодиках. Игуменство их было непродолжительное).
4) Иродион — списатель жития преподобного Александра, до 1545 г.
5) Вениамин — при нем сделан был в Свирский монастырь драгоценный вклад Царя Иоанна Грозного.
6) Преподобный Афанасий Сямдемский.
7) Исидор — до 1572 г.
8) Иоасаф — до 1582 г.
9) Дионисий — до 1608 г.
10) Паисий — до 1613 г., при нем было Литовское разорение.
11) Феодорит — до 1628 г. *). Царь Михаил Феодорович восстановил и укрепил жалованные грамоты.
12) Авраамий — до 1646 г., при нем было открытие мощей преподобного Александра.
13) Александр — до 1649 г.
14) Савватий — до 1660 г.
15) Симон, впоследствии архиепископ Вологодский и Белозерский, до 1665 г.
16) Иосиф — до 1666 г.
17) Макарий (Полуэхтов) — до 1673 г.

---

1) Гермоген — до 1699 г., особенно потрудившийся по возобновлению монастырских церквей и зданий. В его настоятельство в 1692 году в Свирский монастырь был прислан указом Царей Иоанна и Петра Алексеевичей священник Петр Терентьев, с тем чтобы, освятив собором святую воду о здравии Государя и омочив в ту святую воду губку, отереть святые мощи преподобного Александра, лицо и руки и, выжав из губки воду в сосуд, запечатав оный монастырскою казенною печатью, он, священник Терентьев, привез к ним, Государям. О чем имеется грамота митрополита Корнилия.
2) Лаврентий — до 1702 г., при нем отменены монастырские имущественные привилегии.
3) Кирилл I — до 1705 г.
4) Исаия — до 1708 г.
5) Феодосий — до 1715 г., при нем украшена настенною живописью Троицкая церковь.
6) Иларион — до 1717 г.
7) Александр I — до 1719 г., за приверженность к расколу и непочтение к Государю Петру I лишен сана и казнен.
8) Кирилл II — до 1732 г.
9) Виссарион — до 1738 г.
10) Ефрем — до 1740 г.
11) Венедикт — до 1742 г.
12) Серафим — до 1748 г.
В 1748—1752 гг. неизвестно почему архимандрита не было, а монастырем управлял наместник Иннокентий.
13) Андроник — до 1759 г.
14) Пахомий — до 1763 г., по доносу братии за какие-то злоупотребления был вызван в Новгород и оттуда уже не возвращался.
15) Варсонофий — до 1763 г., при нем в Свирском монастыре была учреждена кафедра епископов Олонецких и Каргопольских, викариев С.-Петербургской епархии.
16) Александр II — до 1775 г. Согласно состоявшимся в 1764 г. духовным штатам Свирский монастырь был зачислен штатным второклассным монастырем.
17) Иринарх — до 1780 г., при нем учреждена в монастыре семинария.
18) Варлаам — до 1790 г., при нем в 1786 г. епископская кафедра в Свирске закрыта, а Олонецкая епархия присоединена к Архангельской.
19) Парфений I — до 1800 г., впоследствии епископ Архангельский.
20) Иосиф — до 1816 г., при нем учреждено в монастыре духовное училище.
21) Товия — до 1819 г., при нем установлено перенесение мощей преподобного Александра из Преображенского монастыря в Троицкий, в праздник Пресвятой Троицы.
22) Парфений II — по 1820 г., при нем Свирский монастырь посетил Император Александр Благословенный.
23) Макарий — до 1827 г., при нем учреждена в Петрозаводске самостоятельная епископская кафедра.
24) Варсонофий (Морев) — до 1853 г.
25) Иезекииль — до 1855 г.
26) Павел (Смирнов) — до 1869 г., при нем в 1858 г. Свирский монастырь посетили Государь Император Александр Николаевич и Государыня Императрица Мария Александровна с Августейшим их семейством.
27) Антоний — до 1870 г.
28) Даниил — до 1872 г.

---

      С 1873 года настоятельство Свирского монастыря предоставлено епископам Олонецким и Петрозаводским, а в монастыре учреждено наместничество.

1) Первый настоятель Свирского монастыря – епископ был преосвященный Олонецкий Ионафан — до 1878 г.
2) Преосвященный Палладий — до 1882 г.
3) Преосвященный Павел.

1) Архимандрит Савватий, 1873–1878 г.
2) Игумен Иннокентий, 1878–1883 г.
3) Архимандрит Макарий, 1883–1891 г., при наместнике архимандрите Макарии 29 июня 1887 г. Свирский монастырь посетил Его Высочество Великий Князь Владимир Александрович с супругой его, Великой Княгиней Марией Павловной.

---

      С 1890 г. монастырь снова сделан самостоятельным и общежительным с особым настоятелем-архимандритом.

1) Архимандрит Агафангел, с 21 декабря 1891 г.
2) Архимандрит Евгений, 1909-1918.