1890 г. монастырь снова сделан самостоятельным и общежительным, с особым настоятелем-архимандритом, и 31 декабря 1891 г. таковым назначен о. архимандрит Агафангел, бывший до того времени ризничим Валаамского общежительного монастыря, в коем и сам угодник Божий преподобный Александр научился общежитию.

      30 января 1892 г. в С.-Петербурге, в церкви Александро-Свирского подворья, преосвященным Антонием, епископом Выборгским (ныне митрополит С.-Петербургский) о. Агафангел и был возведен в сан архимандрита, а 6 февраля того же года прибыл в Александро-Свирский монастырь.

     Печальное зрелище крайнего упадка представлял собой в то время Александро-Свирский монастырь: монастырские здания были запущены и требовали возобновления и исправлений; братии было не более 15-ти человек, большинство из них были люди престарелые, да человек десять певчих с мальчиками вместе; хозяйство монастыря находилось в полном расстройстве. Поистине можно сказать, тут была мерзость запустения на месте святе. Обитель жаждала обновления, или лучше сказать возрождения, в полном смысле этого слова.

      С упованием на молитвенную помощь преподобного Александра приступил отец Агафангел к восстановлению клонившейся к запустению обители и исправлению найденных в ней беспорядков.

      Он подвизался в этом святом деле с тою неутомимою ревностью и опытностью, которыми запечатлена вся его разнообразная деятельность по благоустройству обители, во внешнем и внутреннем ее отношении.

      За годы его управления Свирским монастырем он сообщил ему, можно сказать, совершенно новый изящный наружный вид, не оставив ни одного из прежних зданий без существенных исправлений и многие построив совершенно вновь, как об этом уже упомянуто ранее в настоящем описании.

      Для большего упрочения общежительных порядков им заведены свои собственные различные мастерские; монастырское хозяйство во всех его видах поднято на высоту совершенства.

      Вновь выстроено много разных хозяйственных заведений и помещений. Так, на монастырской пристани у реки Свири построены совершенно новая водяная мельница на месте бывшей старой и новый амбар для хранения зернового хлеба. Там же отделан заново двухэтажный с мезонином дом и построены новый скотный двор с сеновалом вверху, сарай для дров и баня.

      У пароходной пристани на р. Свири построен новый деревянный двухэтажный дом и выстроена новая часовня. На монастырском скотном дворе постановлено новое одноэтажное здание для жилья, перестроен и отделан дом для помещения пастухов. Построены: новый телятник, соломенник на кирпичных столбах, на берегу озера поставлена новая баня и в ней помещен медный насос для передачи воды в водогрейную для скота по проведенным железным трубам. Выстроен каменный двухэтажный корпус в длину 9 саж. 2 арш. и в ширину 4 саж. Внизу его помещается прачечная для стирки братского белья и кухня, а вверху жилое помещение для прачек и сушильня. Устроен вновь сарай для сена и ржи. Поставлено новое каменное гумно с 2 ригами, длиною 14 саж., шириною 472 саж. Вблизи к Преображенскому монастырю устроен особый каретник для хранения выездных экипажей. В 16 саж. от конного двора построены два новых двухэтажных здания для жилья конюхов и чернорабочих.

      Рядом с квасоварнею, на берегу Рощинского озера, построен большой каменный ледник, длиною 6 сажень и шириною 4 1/5 саж.

      На покосах поставлены новые четырехстенные сеновалы.

      В 5 1/5 верстах от монастыря, близ речки Кукос, выстроен новый кирпичный завод; обжигательная печь вмещает 75 000 кирпичей. При заводе устроена глиномятная машина. Там же для помещения рабочих поставлены два дома.

      Но устроение внешнего благолепия обители не составляет главной и единственной заботы отца архимандрита Агафангела; напротив, он прилагает более попечения о внутреннем ее устроении, о строгом соблюдении церковного устава и монашеских правил, о водворении духа иноческой жизни между братиею, и здесь-то вполне проявляется его духовная опытность, приобретенная многими годами в строгой святой Валаамской обители.

      И так, при всесильной помощи Божией, по молитвам преподобного Александра, отец архимандрит Агафангел в течение 13-ти лет своего настоятельства поставил Свирскую обитель на высокую степень внешнего величия и внутреннего благоустройства.

      Свирский монастырь представлял прекрасное убежище для посвятивших себя иноческой жизни, и здесь благочестивый паломник действительно найдет чинное отправление богослужения, сопровождаемое прекрасным пением, строгое соблюдение общежительных правил, вообще тот стройный порядок иноческой жизни, который так успокоительно действует на душу, утомленную мирскими заботами и суетами.